Toimintojen kattava ohjelmallinen hallinta on tämän digitaalisen I/O-moduulin tärkein ominaisuus. Moduulissa on 48 digitaalista I/O-linjaa, 3 16-bittistä laskuria/ajastinta sekä 3 itsenäistä PC-väylän keskeytyksen tuloliitäntää.

Onyx-MM:n 48 digitaalista I/O-linjaa perustuvat kahteen 82C55-piiriin. Ne voidaan ohjelmoida tuloiksi tai lähdöiksi 8 linjan ryhmissä. Laite tukee sekä suoraa että stroboitua (lukittua) I/O-tilaa, ja kaikki I/O-linjat on kytketty 10 kΩ:n pull-up-vastuksiin.

Kolme 16-bittistä laskuria/ajastinta perustuvat 82C54-piiriin. Niitä ohjataan Onyx-MM:n konfiguraatiorekisterin kautta (82C54:n vakiokonfiguraatiorekisterin lisäksi). Laskurien tulot voidaan kytkeä vaihtoehtoisesti ulkoisiin signaaleihin, laitteeseen integroituun 4 MHz:n kellotaajuusgeneraattoriin tai laskurien lähtöihin, kaikki ohjelmistohallinnalla. Käyttämällä yhden laskurin lähtöä toisen laskurin tulona laskurit voidaan kytkeä kaskadiksi ohjelmistolla, jolloin saadaan aikaan 32-bittinen tai 48-bittinen laskuri.

Onyx-MM:ssä on myös ohjelmoitavat keskeytystoiminnot. Piirilevyllä oleva toinen ohjelmistohallittu rekisteri määrittää jopa kolme keskeytyksen linjaa PC-väylällä. Keskeytyksiä voidaan tuottaa laskurin/ajastimen lähtöjen, digitaalisten I/O-linjojen tai ulkoisen tulolinjan avulla. Tämän ansiosta laskuria voidaan käyttää väyläkeskeytyksien tuottamiseen ohjelmoidulla jaksolla, laitteistokeskeytyksien tuottamiseen ohjelmistohallinnalla tai keskeytyksien tuottamiseen ulkoisen tapahtuman seurauksena.